本系列承接忠肝义胆中包拯在回京城中所发生的一些事，讲诉包拯在回京城的路途中遇到的一系列惊险离奇的案件，凸显包拯刚正不阿、不畏强权的高贵品质。本文故事皆是根据以往影视作品以及民间传说改编加工而成的，实属虚构。

话说包拯一行人途经京城附近的一座小镇，白玉堂因收到来自四鼠的传信“师门有难回速”，便在此与大家分别了。而继续前行的包拯等人则遇到了一起蹊跷的命案。在命案现场有大量活蹦乱跳的鱼，大家百思不得其解，谁会用价值不菲的鱼来破坏命案现场呢？经过包拯的分析，原来这一切都是因为之前的一起龙卷风所致，而作案凶手“花蝴蝶”也被这场龙卷风所波及，最终被抓获。

经过审讯，包拯发现此案大有蹊跷，嫌疑人“花蝴蝶”竟然是用了易容术的金国小王爷完颜坦坦。而死者也并非是李小能他娘却是神偷庄兰。继续追查之下，发现假扮李小能娘亲的乃是金国公主完颜明月。二人的目的是进入皇宫偷盗大宋玉玺，而李小能他娘的身份正是皇宫的送菜员。二人之后被打入大牢。让人没有想到的是，之后关押他们牢房竟然发生了人为的爆炸，完颜明月生死，完颜坦坦重伤，包拯决定要查出真凶。这时菩提道人所崇拜的那位大巫师曼乌拉的言行则引起了包拯的注意，经过探查与推敲，曼乌拉乃是金国王爷派来的，目的是刺杀完颜坦坦这位金国未来的领导者。经过一番交战，曼乌拉最终被抓获，也被绳之以法。而在暗中跟随包拯查案的那位真正的侠士花蝴蝶也在此时浮出了水面。

就在包拯等人纷纷猜测着花蝴蝶的真实身份时，花蝴蝶出现了，将众人引到一个山头。山头上是一片乱葬岗，有很多的墓碑，从这些墓碑上来看，葬在其中都姓孙的人。包公回去之后经过一番调查，发现那片墓穴原来是前任御史中丞孙之民全家人的坟墓。孙之民因为贪赃枉法，嫁祸宰相，欺君之罪，被全家流放。想不到最终全部死在了这里。

就在包拯疑惑之时，花蝴蝶找上包拯。原来花蝴蝶乃是孙之民最小的儿子孙少峰。而孙之民贪污事件的事实真相是却是宰相贪污，卖官求金，被孙之民弹劾，宰相记仇在心，计划了一场大阴谋将所有的罪名都陷害在了孙之民身上，最终孙之民判了全家流放。对于这样的结果宰相却并不满意，便派人在半途中下毒将其家人全部杀害，而花蝴蝶因为生病而逃过这一劫。花蝴蝶为了平反自家冤情，特意找上包拯，请求包拯为自己伸冤。而包拯也不畏强权，最终替孙之民平反，最终所有的真相都大白于天下。在破案过程中，花蝴蝶与展昭共同患难，成为好朋友。而皇上本要让他继承御史中丞的官位，但花蝴蝶却因不喜欢官场的种种，最终逍遥江湖去了。

而当白玉堂因为师门有难回到焦作云台山之后却发现一切都很正常，并无大难。白玉堂觉得事情有蹊跷，而且经过回来这段时间的观察，发现自己师父也变的有些不同了。紧接着师门发生了一件怪事，同门师兄弟们无缘无故的一个接着一个的消失不见，更加让白玉堂感到不安。白玉堂想到了包拯，而恰巧在此时遇到了被拐卖的咪咪。最后便飞鸽传书请包拯过来帮忙，菩提道人也一同前来了。众人探查一番之后，在后山上发现了一处神秘山洞，洞里有奇怪的香味使人中毒。而之后来这里巡山的弟子也相继被杀害了。包拯觉得是有蹊跷，决定闯洞。最终揭露了所以的真相。白玉堂得师父天华道人竟然是他的师弟天华道人假扮的，而天华道人的目的却是想要夺取师兄的掌门之位和惊世的武功秘籍。最终菩提道人和天同道人交手。天同道人最后不敌受伤逃走，但却对包拯等人怀恨在心，一心想要报仇。包拯等人解救了天华道人等人，白玉堂非常感激，之后决定继续跟随包公为百姓造福。

包拯等人即兴游玩，来到一座名山白云山，却遭遇了小偷，而这名小偷竟然是一位小女孩儿。经过探查，大家都了解到了小女孩偷盗的苦衷。这里有一个大地主，欺诈民财，抢夺了房屋，无恶不作。经过一番查证，最后包拯将这个地主绳之以法了。意外的是白云山脚下合峪镇又出现一个命案，包拯破了命案发现是因为一张莫名其妙的藏宝图，包拯等人好奇心大发，便寻着地图上了白云山。但却不知这一切其实都是天同道人与完颜王爷在幕后策划的一场针对大宋的大阴谋。幕后黑手使计，将菩提道人引开，随后使诈伤了展昭和白玉堂，将包拯一行人困在了山洞里。此时原来幕后黑手完颜王爷带着一行人现身了，原来他要先除掉包拯，再图谋大宋江山。而此时中了调虎离山之计的菩提道人在与天同道人打斗时，已经发现自己中计，便使出绝招打伤天同道人后往包拯所在的山头飞奔而去。而民众们听见包拯遇到了危险，全部拿着锄头冲上了山营救包拯。最后在百姓们的帮助下，包拯抓住了完颜王爷，将完颜王爷交给了完颜坦坦，让其带回金国处置。

本片通过艺术手法让观众在幽默搞笑的环境下再次领略到包公办案的精彩环节，弘扬包公精神，观看动画片的同时也学习了历史，从而达到了寓教于乐的效果。